Pengelolaan Jurusan Teknik Sipil Unsyiah dilakukan unsur pimpinan Jurusan Teknik Sipil yang terdiri atas Ketua Jurusan Teknik Sipil dan Sekretaris Jurusan Teknik Sipil. Dalam mengelola tugas dan tanggung jawab yang terkait dengan akademik, Ketua dan Sekretaris Jurusan Teknik Sipil Unsyiah dibantu oleh Ketua Program Studi Diploma Teknik Sipil, Ketua Program Studi Teknik Sipil, dan Ketua Program Studi Magister Teknik Sipil. Jurusan Teknik Sipil juga memiliki lima bidang konsentrasi, yaitu Bidang Struktur, Bidang Transportasi, Bidang Geoteknik, Bidang Manajemen dan Rekayasa Konstruksi (MRK) dan Bidang Hidroteknik yang masing-masing dipimpin oleh seorang Ketua Bidang.
Masing-masing bidang memiliki Peer Group penelitian sesuai keahlian. Dalam menjalankan fungsi dan tugasnya, semua bidang tersebut juga didukung oleh Laboratorium yang masing-masing dipimpin oleh seorang Kepala Laboratorium. Selain lima laboratorium bidang, Jurusan Teknik Sipil Unsyiah juga memiliki Laboratorium Geodesi dan Laboratorium Komputasi yang diarahkan untuk mampu mewadahi kegiatan antar Peer Group tersebut.
Untuk pengelolaan tugas-tugas administrasi,Jurusan Teknik Sipil Unsyiah melayani keperluan tenaga pendidik dan mahasiswa.